Для отправки данных в 1C в SUBTOTAL есть специальное приложение «Работа с 1С». Доступно в разделе левого меню Приложения / Работа с 1С.
Выгрузка в 1С из SUBTOTAL
- В Приложении «Работа с 1С» заполняем шапку – «Выгрузить данные» — Скачиваем файл «exportxxxx_xx.zip». В архиве будет загрузчик для 1С и файл с данными.
2. Установка загрузчика в Бухгалтерию 1С.
Администрирование – Печатные формы, отчеты и обработки – Дополнительные отчеты и обработки. 
В Дополнительных отчетах кликаем «Добавить из файла». 
Выбираем загрузчик из архива – Сохраняем – Выполнить.
3. Загрузка данных из SUBTOTAL в 1С
Заполняем поля: организация, которую выбирали на шаге 1; номенклатурная группа; платежная карта. Ставим галочку «Загружать на выбранную организацию». Выбираем файл.
Если возникает ошибка «Не синхронизирована организация», то запоминаем номер организации, кликаем на кнопку возле галки «Загружать на выбранную организацию» и в «Дополнительные сведения» вносим этот номер. 
Что выгружается из Subtotal в 1С?
Контрагенты, складские операции, цены, товары, единицы измерения, склады, точки продаж, типы расходов, типы оплат, финансовые операции.
Загрузка также зависит и от самой 1С.
Проверено на «Бухгалтерия предприятия (базовая), редакция 3.0 (3.0.91.36)».